如果被税务机关查出的“查增所得”，对纳税人会带来以下损失：
1、查增所得不得用于弥补亏损
国税发[1997]191号文件规定，税务机关查增的所得额部分不得用于弥补以前年度的亏损。
2、查增所得不得作为计算公益、救济性捐赠的基数
国税发[1997]191号文件规定，税务机关查增的所得额不得作为计算公益性、救济性捐赠的基数。
3、税务机关查增所得对投资抵免所得税的影响
〈技术改造国产设备投资抵免企业所得税审核管理办法〉（国税发[2000]13号文件）规定，税务机关查补的企业所得税，计入查补税款隶属年度投资抵免的应缴企业所得税基数，但不得计入可抵免的新增企业所得税额。
4、成员企业所在地税务机关对成员企业检查出的以前年度违反税收规定应补缴的所得税
经批准实行汇总、合并缴纳企业所得税（以下称汇总纳税）的企业总机构或集团母公司（以下称汇缴企业）及其汇总纳税的成员企业（以下称成员企业），除本通知第十三条的规定外，一律执行“统一计算、分级管理、就地预缴、集中清算”的汇总纳税办法。
成员企业所在地税务机关对成员企业检查出的以前年度违反税收规定应补缴的所得税，应按规定税率就地全额补征入库，不得作为当年或以前年度就地预缴的税款，不参与总机构的汇缴清算。
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